第112期 / 本文由奥来恩团队原创
奥来恩编者按
4月15日，美国FDA发布了一份指南草案，旨在为申请人在非临床研究中采用二代测序（Next-Generation Sequencing，NGS）评估基因治疗产品中基因编辑的安全性提供指导，以支持新药临床研究申请（IND）与生物制品上市许可申请（BLA）的提交。
该指南由FDA生物制品评价与研究中心（CBER）下属的治疗产品办公室（Office of Therapeutic Products，OTP）负责制定，是对2024年1月发布的既往指南的补充与延续。此前指南主要针对包含人类基因组编辑的人用基因治疗产品，系统阐述了非临床、临床及化学成分、生产制造和质量控制（CMC）等方面的关键考量。
01
基因编辑产品的主要风险
基因编辑（Genome Edited，GE）产品的临床研发项目，既要评估基因治疗产品本身的风险，也要关注GE带来的额外风险，包括脱靶编辑效应（Off-Target Editing）、针对遗传性疾病治疗（含个体化疗法）中的非预期基因改变。
FDA局长Marty Makary博士表示：“GE为治疗既往无法治愈的遗传性疾病带来了巨大希望。本次指南为申请人提供了采用先进的测序技术评估脱靶编辑风险的科学建议，体现了FDA以前瞻性思路加速GE疗法创新的决心，我们将全力推动这一研究领域的发展。”
02
基因编辑技术类型与潜在风险
目前已有多种GE技术用于体外（ex vivo）和体内（in vivo）的细胞编辑，且可应用于来自患者或健康供体的细胞。此外，GE也可通过mRNA、脂质纳米颗粒、病毒载体或DNA载体直接递送至患者体内进行。但无论哪种方式，非预期编辑事件可能发生在脱靶基因组位点，并可能导致短片段插入或缺失、更大范围的基因组改变、染色体重排或染色体易位。这些事件可能会破坏正常基因功能、激活致癌通路、影响肿瘤抑制基因，或以其他方式影响最终产品的基因组完整性和安全性。
为降低此类风险，FDA建议申请人对GE产品的靶向编辑结果和脱靶编辑结果进行全面且科学合理的分析。应根据检测目的、基因编辑方式、预期编辑类型以及潜在安全风险选择测序策略。
03
测序策略与技术要求
研发企业应采用合适的测序策略，以实现“靶向编辑”与“脱靶编辑”位点分析的目标。例如，如果主要关注的是预测脱靶位点上的小片段插入、缺失或碱基替换，短读长测序（Short-read Sequencing）方法可能是合适的。但如果关注的是较大插入或缺失、结构变异、染色体重排或染色体易位，则可能需要使用长读长测序（Long-read Sequencing）或其他基因组范围内的NGS方法。
指南强调，测序应使用足量的起始材料（基因组DNA、细胞数量或RNA，视情况而定），测序深度需足以检出低频脱靶编辑事件（发生频率或编辑效率通常低于预期的靶向编辑率）。申请人应提供内部测序数据（例如NGS运行的代表性数据）和/或相关同行评议文献信息，证明测序深度与检测灵敏度，并支持其检测低频脱靶编辑事件的策略的充分性。
对于已知会产生DNA双链断裂、中到大片段缺失或插入、染色体重排或染色体易位的GE技术，FDA建议使用NGS方法，对编辑后细胞的基因组完整性进行灵敏且定量的评估。特别是，申请人可能需要评估发生双链断裂的靶向位点之间，或靶向位点与脱靶位点之间的染色体易位率。这一要求对非临床研究设计、方法学验证、分析灵敏度、样本选择以及整体IND支持性研究均具有直接影响。
对新药研发公司的监管启示
从监管策略角度看，该指南提高了早期基因编辑产品开发的要求。申请人不应将基于NGS的脱靶评估视为后期开发阶段才开展的工作，或仅作为探索性研究内容。相反，应在产品开发早期，特别是在pre-IND或INTERACT会议之前，将其纳入整体开发计划。FDA特别鼓励申请人在产品开发早期，通过INTERACT会议和pre-IND会议等途径，就具体产品的开发策略与FDA进行沟通。这一点尤其重要，因为不存在适用于所有产品的统一NGS策略。合适的评估方法将取决于基因编辑技术、递送系统、靶细胞类型、疾病背景、目标临床人群、细胞在体内的持续时间，以及检测相关基因组改变的可行性。
FDA发布该指南，体现了其在支持基因编辑创新的同时，继续维持严格安全性监管框架的立场。该指南并不是简单要求申请人“开展NGS检测”，而是要求申请人设计科学合理、灵敏度充分、并符合产品特点的测序策略，以识别与脱靶编辑和基因组完整性相关的、具有临床意义的潜在风险。对于正在开发基因编辑疗法的新药研发公司而言，核心监管启示非常明确，即基于NGS的安全性评估应被视为IND支持性开发策略的核心组成部分，而不是附加性实验。一个设计良好的NGS和生物信息学数据包，可以增强FDA对产品安全性的信心，支持IND高效审评，并为后续BLA开发奠定基础。
奥来恩将会为您带来FDA及其他监管机构更多药政法规动态，欢迎大家订阅《奥来恩药政前沿》。若您有任何问题欢迎与奥来恩咨询与交流！（邮箱：bd@aleonpharma.com；手机：17312605758）。
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奥来恩编者按
4月15日，美国FDA发布了一份指南草案，旨在为申请人在非临床研究中采用二代测序（Next-Generation Sequencing，NGS）评估基因治疗产品中基因编辑的安全性提供指导，以支持新药临床研究申请（IND）与生物制品上市许可申请（BLA）的提交。
该指南由FDA生物制品评价与研究中心（CBER）下属的治疗产品办公室（Office of Therapeutic Products，OTP）负责制定，是对2024年1月发布的既往指南的补充与延续。此前指南主要针对包含人类基因组编辑的人用基因治疗产品，系统阐述了非临床、临床及化学成分、生产制造和质量控制（CMC）等方面的关键考量。
01
基因编辑产品的主要风险
基因编辑（Genome Edited，GE）产品的临床研发项目，既要评估基因治疗产品本身的风险，也要关注GE带来的额外风险，包括脱靶编辑效应（Off-Target Editing）、针对遗传性疾病治疗（含个体化疗法）中的非预期基因改变。
FDA局长Marty Makary博士表示：“GE为治疗既往无法治愈的遗传性疾病带来了巨大希望。本次指南为申请人提供了采用先进的测序技术评估脱靶编辑风险的科学建议，体现了FDA以前瞻性思路加速GE疗法创新的决心，我们将全力推动这一研究领域的发展。”
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基因编辑技术类型与潜在风险
目前已有多种GE技术用于体外（ex vivo）和体内（in vivo）的细胞编辑，且可应用于来自患者或健康供体的细胞。此外，GE也可通过mRNA、脂质纳米颗粒、病毒载体或DNA载体直接递送至患者体内进行。但无论哪种方式，非预期编辑事件可能发生在脱靶基因组位点，并可能导致短片段插入或缺失、更大范围的基因组改变、染色体重排或染色体易位。这些事件可能会破坏正常基因功能、激活致癌通路、影响肿瘤抑制基因，或以其他方式影响最终产品的基因组完整性和安全性。
为降低此类风险，FDA建议申请人对GE产品的靶向编辑结果和脱靶编辑结果进行全面且科学合理的分析。应根据检测目的、基因编辑方式、预期编辑类型以及潜在安全风险选择测序策略。
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测序策略与技术要求
研发企业应采用合适的测序策略，以实现“靶向编辑”与“脱靶编辑”位点分析的目标。例如，如果主要关注的是预测脱靶位点上的小片段插入、缺失或碱基替换，短读长测序（Short-read Sequencing）方法可能是合适的。但如果关注的是较大插入或缺失、结构变异、染色体重排或染色体易位，则可能需要使用长读长测序（Long-read Sequencing）或其他基因组范围内的NGS方法。
指南强调，测序应使用足量的起始材料（基因组DNA、细胞数量或RNA，视情况而定），测序深度需足以检出低频脱靶编辑事件（发生频率或编辑效率通常低于预期的靶向编辑率）。申请人应提供内部测序数据（例如NGS运行的代表性数据）和/或相关同行评议文献信息，证明测序深度与检测灵敏度，并支持其检测低频脱靶编辑事件的策略的充分性。
对于已知会产生DNA双链断裂、中到大片段缺失或插入、染色体重排或染色体易位的GE技术，FDA建议使用NGS方法，对编辑后细胞的基因组完整性进行灵敏且定量的评估。特别是，申请人可能需要评估发生双链断裂的靶向位点之间，或靶向位点与脱靶位点之间的染色体易位率。这一要求对非临床研究设计、方法学验证、分析灵敏度、样本选择以及整体IND支持性研究均具有直接影响。
对新药研发公司的监管启示
从监管策略角度看，该指南提高了早期基因编辑产品开发的要求。申请人不应将基于NGS的脱靶评估视为后期开发阶段才开展的工作，或仅作为探索性研究内容。相反，应在产品开发早期，特别是在pre-IND或INTERACT会议之前，将其纳入整体开发计划。FDA特别鼓励申请人在产品开发早期，通过INTERACT会议和pre-IND会议等途径，就具体产品的开发策略与FDA进行沟通。这一点尤其重要，因为不存在适用于所有产品的统一NGS策略。合适的评估方法将取决于基因编辑技术、递送系统、靶细胞类型、疾病背景、目标临床人群、细胞在体内的持续时间，以及检测相关基因组改变的可行性。
FDA发布该指南，体现了其在支持基因编辑创新的同时，继续维持严格安全性监管框架的立场。该指南并不是简单要求申请人“开展NGS检测”，而是要求申请人设计科学合理、灵敏度充分、并符合产品特点的测序策略，以识别与脱靶编辑和基因组完整性相关的、具有临床意义的潜在风险。对于正在开发基因编辑疗法的新药研发公司而言，核心监管启示非常明确，即基于NGS的安全性评估应被视为IND支持性开发策略的核心组成部分，而不是附加性实验。一个设计良好的NGS和生物信息学数据包，可以增强FDA对产品安全性的信心，支持IND高效审评，并为后续BLA开发奠定基础。
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